Sprawy związane z planowaniem, kalkulacją i rozliczaniem kosztów są dość skomplikowane i często sprawiają problemy nawet już w projekcie a czasami długo po jego zakończeniu. Aby nie gmatwać spraw przedstawiamy tu tylko kwestie związane z projektami badawczymi, poznanie tych zasad ułatwi zrozumienie spraw finansów w 5PR w ogóle. Informacje związane z tą problematyką znajdują się również na stronie biuletynu informacyjnego związanego z Krajowym Punktem Kontaktowym: (http://www.ippt.gov.pl/oti).

Full Costs (FC) - pełne, rzeczywiste koszty, uczestnik projektu wykazuje wszystkie koszty bezpośrednie i pośrednie związane z wykonywaniem zadań projektu. Komisja Europejska zwraca ułamek wykazanych w ten sposób kosztów (projekty badawcze - 50%, projekty demonstracyjne - 35%.

Na zasadzie Full Costs rozliczają się jednostki posiadające system księgowości analitycznej, tj. takie które potrafią wykazać jaka część kosztów pośrednich (ogólnych) została poniesiona dla celów projektu (np. koszty energii elektrycznej, wynajmu pomieszczeń, telefony itp.).

Full costs fixed rate (FF) - nowy sposób rozliczania w 5 PR. Jednostki które mogą uczestniczyć w projektach na zasadzie Full Costs mogą wybrać ten model. Polega on na nie wykazywaniu kosztów pośrednich tylko ryczałtowym ich obliczeniu jako 80% kosztów personelu. Komisja zwraca ułamek tych kosztów tak jak w modelu FC. Ze względu na niskie koszty osobowe często ten wariant jest bardzo niekorzystny dla polskich instytucji.

Additional costs (AC) - koszty dodatkowe, uczestnik wykazuje tylko koszty bezpośrednio i specjalnie (poza bieżącą działalnością) poniesione do celów projektu. Komisja zwraca 100% takich kosztów. Na zasadzie Additional Costs rozliczają się jednostki nie posiadające księgowości analitycznej (np. uniwersytety). Udział własny polega na pokrywaniu kosztów bieżącej działalności jak np. pensji stałego personelu jednostki.

"Lump sump" - ryczałt na niewielkie projekty, których nie rozlicza się szczegółowo (bardzo rzadko stosowane)

Jednostka nie wybiera modelu rozliczania kosztów, jest to ustalane w czasie składania projektu, ale weryfikowane podczas negocjacji kontraktu. Jeżeli dana jednostka uczestniczy w więcej niż 1 projekcie we wszystkich rozlicza się w ten sam sposób. Warto pamiętać, że jeżeli z jednej instytucji wysyła się więcej niż 1 wniosek to wszystkie powinny być skalkulowane na tej samej zasadzie.

Koszty rozlicza się tak jak są zaksięgowane, obowiązuje polskie prawo o rachunkowości. Nie można wliczać VATu (chyba, że się udowodni, że nie można go odzyskać). Polska przystępując do 5 PR zobowiązuje się fundusze z nim związane zwolnić od podatków. Na praktyczne rozwiązania (rozporządzenie Ministra Finansów) trzeba jeszcze poczekać.

W czasie trwania projektu składa się okresowe sprawozdania (Costs statements), przygotowują je wszyscy kontrahenci (major contractors i assistant contractors). Każdy partner może mieć inny system rozliczeń.

Sprawozdania zbiera od partnerów i przedkłada Komisji koordynator. Zadaniem koordynatora jest również przelewanie środków otrzymanych z Komisji. Komisja wpłaca zaliczkę w ciągu 60 dni od podpisania kontraktu (np. 30%) pozostałe koszty wynikają z rozliczeń poniesionych kosztów (rozliczenia trwają do kilku miesięcy)

Istnieje możliwość kontroli przez audytorów w czasie projektu i w ciągu 5 lat od jego zakończenia.

Ostateczne rozliczenie następuje po zakończeniu projektu i po zatwierdzeniu całego projektu (finansowo i merytorycznie)

Koszty kalkuluje się i rozlicza w następujących kategoriach: